马飞现任北京科技大学机械工程学院院长，兼任深地岩体工程科学研究院副院长、全国凿岩机械与气动工具标准化技术委员会副主任委员、中国职业安全健康协会水射流专业技术委员会副主任委员。
马飞长期从事机械系统动力学方向的教学与科研工作。在教育教学方面，他先后主讲《汽车测试技术》、《汽车试验学》、《车辆液压传动与控制》等7门本科生课程和《设备故障诊断学》、《多相流动与射流技术》等2门研究生课程。面向新时代对教育教学的新要求，他主动更新教学理念、创新教学方法、提高教学水平。针对新工科背景下机械类专业复合型卓越人才的培养目标，他带领教学团队构建了“3为”育人理念下的“3保障3融合”人才培养体系。他注重深挖课程思政元素，实现课程教学、思想引领、价值观塑造相统一。他还注重培养学生的创新实践能力，倾心指导学生参加科技创新大赛，担当学生良师益友，用心用情答疑解惑。近年，马飞荣获北京市教育教学成果奖一等奖1项、北京市课程思政教学团队1项、校教育教学成果奖特等奖2项，主持北京高等教育本科教学改革创新项目1项、教育部产学合作协同育人项目1项、校重大教改项目2项，指导本科生获全国毕业设计大赛三等奖1项，指导大学生科技竞赛连年获国家一等奖、智能车队获评全国大学生“小平科技创新团队”称号。他本人荣获学校“研究生教育奖”研究生论文指导优秀奖、“我爱我师—我心目中最优秀的教师”、优秀本科生导师等荣誉称号。
在科学研究方面，马飞先后主持国家863计划、国家重点研发计划、国家自然科学基金、国防军工以及企业委托的科研课题60余项，在凿岩技术与装备、救援车辆模块化设计与快换技术、水射流破障技术与装备等领域取得了多项有重要学术价值与应用前景的研究成果。获国家科技进步二等奖1项，省部级一等奖3项、二等奖2项，国家发明专利11项。发表论文130余篇，著作2部。主持制定国家标准1部、行业标准2部。
马飞坚持“四个面向”，注重技术创新和科技成果的转化应用，在凿岩装备和水射流技术领域取得了突出的成就，为提高国家公共安全领域高端装备的技术水平，解决一批应急抢险和资源开采中的关键技术难题做出了重要贡献。针对矿山塌方、公路滑坡等灾害中松散岩土体中无法成孔的难题，创造性提出了分层多次高压注浆技术和复合预应力锚固技术，并在多个矿山塌方和公路灾害治理中得到成功应用，为矿山企业和公路交通部门带来了巨大的经济和社会效益，相关成果获国家科技进步二等奖1项，省部级科技进步一等奖2项，中国专利2项。主持完成的“十三五”国家重点研发计划课题“多功能工作及模块化作业装置关键技术研究”，针对地震、洪涝等自然灾害场景下我国应急救援车辆的功能单一、作业工具更换困难等问题，构建了应急救援车辆作业装置模块化设计方法，实现了工作臂、作业工具的模块化设计；突破了液压驱动机械锁紧的机液快速切换技术，实现了工作臂与作业工具的快速对接切换。开发的自动快换对接平台和多功能应急救援车辆，填补了国内该装备领域的空白，课题综合绩效评价成绩为优秀。近年来，针对废墟、隧道等狭小不规则空间的破障需求，马飞带领团队在现有研究基础上又开发了可随身携带的射流破障技术，应用于应急救援、处突维稳等领域。
作为凿岩装备研究领域的领军者，“十四五”开局之年，马飞带领团队与铁建重工集团等单位合作，共同申请国家重点研发计划项目“千米竖井硬岩全断面掘进机关键技术与装备”并获批立项，“千米级竖井全断面掘进技术”曾被列入了中国科协2019年20个重大科学问题和工程技术难题，因此该项目获批立项意义重大，任务艰巨。作为课题负责人，他带领团队负责攻克“垂直上排渣、协同支护、高承压”等核心技术，为整机的高效掘进提供技术支撑。该项目实施将有力提升我国在深地空间开发领域的核心竞争力。
作为学院的领导，马飞十分重视学科建设和人才队伍建设。他牵头组织申报成功“机械”工程博士专业学位授权点。引进双聘院士2人，培育和引进北科领军人才2人，入选香江学者计划、博士后国际交流项目、青年教学名师等青年人才7人。近三年学院科研经费保持年均20%增长，获批1个北京市重点实验室，完成2个教育部工程中心的评估验收，6个本科专业全部入选一流本科专业建设点，为我校机械工程学科的快速发展提供了有力支撑。
